rootでやれば出来た（汗

# gem install -r acts_as_paranoid

てなわけで早速プラグインをインスコ

　# ./script/plugin install acts_as_paranoid

親テーブルと子テーブル、それぞれにdeleted_atカラムを追加。
-- migrate
class AddLogColumn < ActiveRecord::Migration
def self.up
add_column :logs, :deleted_at, :datetime
end

def self.down
remove_column :logs, :deleted_at, :datetime
end
end

class AddCommentColumn < ActiveRecord::Migration
def self.up
add_column :comments, :deleted_at, :datetime
end

def self.down
remove_column :comments, :deleted_at, :datetime
end
end

モデルにacts_as_paranoidを追加

class logs
acts_as_paranoid
end

class comments
acts_as_paranoid
belongs_to :log
end

で完了ということで、起動してみると。ActiveRecord.countにて、なにやらconstruct_count_options_from_argsメソッドが無いと怒られる orz

undefined method `construct_count_options_from_args'

ぐぐって見てると、
vendor/plugins/acts_as_paranoid/lib/caboose/acts/paranoid.rbの88行目にてconstruct_count_options_from_argsをコールしているとこまでは分かった。
で、どうしろとって感じなのですが、construct_count_options_from_legacy_argsがどうのこうのとコメントが書かれてるので、駄目元で変更

def count_with_deleted(*args)
calculate_with_deleted(:count, *construct_count_options_from_args(*args))
end

↓

def count_with_deleted(*args)
calculate_with_deleted(:count, *construct_count_options_from_legacy_args(*args))
end

よく分からんが、動いたｗ
RubyのバージョンかActiveRecordのバージョンか知らないけど、何か古いのですかね。